من حيث التطبيقات، يمكن استخدام الكرات المغناطيسية للتنمية الفكرية للأطفال، ومساعدتهم على فهم الأشكال الهندسية والهياكل المكانية؛ يمكن أيضًا استخدامها من قبل البالغين لتخفيف التوتر، مما يسمح لهم بالاسترخاء من خلال اللعب بالكرات المغناطيسية؛ بالإضافة إلى ذلك، يتم استخدام الكرات المغناطيسية في التجارب العلمية لتوضيح المبادئ الأساسية للمجالات والقوى المغناطيسية.
عند استخدام الكرات المغناطيسية يجب ملاحظة النقاط التالية: أولاً، لأن الكرات المغناطيسية تتمتع بمغناطيسية قوية، تجنب وضعها بالقرب من الأجهزة الإلكترونية لمنع التداخل مع عملها الطبيعي؛ ثانياً، الكرات المغناطيسية ليست مناسبة للأطفال الصغار، حيث أن ابتلاعها عن طريق الخطأ قد يسبب مشاكل صحية خطيرة؛ وأخيرا، تجنب التعرض لفترات طويلة للكرات المغناطيسية لدرجات حرارة عالية، لأن هذا قد يؤثر على مغناطيسيتها.